Odborné útvary ministerstva přezkoumávají rozhodnutí správních orgánů (tzn. krajských úřadů a Magistrátu hlavního města Prahy) na úseku územního plánování a stavebního řádu, a to v odvolacích nebo přezkumných řízeních. Dále provádějí kontrolu činnosti a vyřizují uplatněné nároky na náhradu škody způsobené nezákonným rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem správních orgánů v působnosti dané stavebním zákonem.

MMR vykonává rovněž metodickou činnost na úsecích územního plánování a urbanismu, stavebního řádu a vyvlastnění, usměrňuje a sjednocuje výkon státní správy a praxi orgánů územního plánování a stavebních úřadů. Pověřené odborné útvary ministerstva zabezpečují rovněž úkoly v systému ověřování zvláštní odborné způsobilosti úředníků krajských a obecních úřadů na všech výše uvedených úsecích.

Ministerstvo dále zřizuje jako organizační složku státu Ústav územního rozvoje, zřizovatelským odborem je odbor územního plánování. Předmětem činnosti Ústavu územního rozvoje je podle zřizovací listiny např. zpracování podkladů pro operativní činnost zřizovatele, metodická, konzultační a rešeršní činnost, publikační činnost, příprava podkladů pro legislativní činnost, organizování seminářů a přednášek nebo tvorba informačních systémů a to v oborech působnosti územní plánování, stavební řád, výstavba, regionální politika, bydlení a bytová politika, cestovní ruch a evropské záležitosti.