V rámci celého auditního procesu ČR zastávala pozici, že s hodnocením auditorů Evropské komise ve věci střetu zájmu nesouhlasí, přičemž tuto pozici ČR zastává nadále. Z právního pohledu je pozice ČR taková, že ze strany řídících orgánů nedocházelo a nedochází k porušování právních předpisů, včetně uplatňování zákona o střetu zájmů.

České orgány ve svých reakcích zaslaných Evropské komisi opakovaně uvedly, že řídicí a kontrolní systémy byly nastaveny v ČR v souladu s unijními a vnitrostátními pravidly upravujícími otázku střetu zájmů a že na této pozici ČR trvá. Nicméně na základě požadavku Evropské komise bylo pozastaveno předkládání žádostí o platbu u projektů, které Evropská komise označila za problémové.

Ve věci střetu zájmů dosud neexistuje pravomocné soudní rozhodnutí. Pouze soudy mohou v rámci ČR závazně vykládat právní předpisy, avšak takovým výkladem zatím české orgány nedisponují.

ČR přijala většinu nápravných opatření požadovaných závěrečnou zprávou auditu Evropské komise, včetně opatření týkajících se střetu zájmů.