Reakce na závěry kontrolní akce: NKÚ vyhodnotil kontrolované projekty a výdaje na ně jako účelné, s výjimkou jednoho. V tomto případě příjemce dotaci ve výši téměř 23 milionů korun vyčerpal, avšak plánovanou tělocvičnu s lezeckou stěnou, fitness, sociálním zařízením, bufetem aj. nevybudoval. Kontrola NKÚ ukázala, že MMR poskytlo dotaci i příjemci podpory, který v žádosti uvedl nepravdivé informace o tom, že objekt/areál neleží v záplavovém území stoleté vody, ačkoliv se v takovém území nacházel. V případě, kdy NKÚ vyhodnotil vynaložené dotační výdaje jako neúčelné, a kdy kontrola NKÚ ukázala, že žadatel neuvedl pravdivé informace o skutečnosti, jestli objekt/areál leží v záplavovém území stoleté vody, se jedná o tentýž projekt, kdy bylo až následně zjištěno, že příjemce dotace uvedl v žádosti o dotaci nepravdivé informace, čímž uvedl poskytovatele dotace v omyl. Projekt, kterému byla poskytnuta podpora, příjemce dotace nerealizoval tak, aby byl splněn stanovený účel projektu. MMR při vyvození důsledků vůči příjemci dotace, resp. odpovědným osobám již v daném případě poskytuje plnou součinnost příslušnému finančnímu úřadu a Policii ČR.

U MMR a SFPI odhalil NKÚ významné nedostatky zejména v kontrolní činnosti. Ministerstvo např. v konečné fázi projektu mnohdy nekontrolovalo závěrečné vyhodnocení ani finanční vypořádání vyplacených dotací. MMR musí u všech podpořených projektů provést závěrečné vyhodnocení akcí nejpozději před ukončením/vyhodnocením celého programu a v tomto smyslu postupuje v souladu s nastaveným a schváleným harmonogramem programu. Rychlejší postup nad rámec uvedeného harmonogramu je limitován kapacitou a důsledností závěrečného vyhodnocování jednotlivých akcí. Finanční vypořádání akcí jsme evidovali a kontrolovali průběžně. Navíc financování akcí probíhalo většinou jako ex ante, průběžně, tzn. poskytovatel dotace tak měl průběžný přehled o čerpání dotací. Již v průběhu realizace jednotlivých akcí příjemce dotace za účelem čerpání poskytnuté dotace spolu s žádostí o platbu předkládal neuhrazenou fakturu včetně dokladu prokazujícího dodání fakturovaného (dodací list, výkaz prací apod.). Administrátor před proplacením provedl kontrolu všech faktur včetně příloh ve smyslu jejich souladu s doloženou dodavatelsko-odběratelskou smlouvou a projektovým záměrem. Dokumentace závěrečného vyhodnocení akcí pak následně poskytuje shrnutí informací o průběhu realizace projektů, poskytuje informace o vynaložení podílu vlastních prostředků příjemce a informace o dodržení termínů stanovených v rozhodnutí včetně dosažení parametrů (což jsou konkrétní výstupy) projektu. Celý kontrolní systém je doplněn prováděním veřejnosprávních kontrol, a to i kontrol na místě (fyzická kontrola v terénu).
 
Vzhledem k tomu, že MMR nestanovilo jednoznačně, za jakých podmínek mohou být výdaje vynaložené na území mimo registrovaný brownfield způsobilé, někteří příjemci dotace si postup chybně vykládali. Jako způsobilé k proplacení pak uplatnili i výdaje za stavební práce na parcelách mimo území brownfieldu. MMR bere na vědomí, že dle NKÚ mělo být vymezení způsobilých/nezpůsobilých výdajů v dokumentaci příslušné výzvy exaktnější. Jedinečná povaha projektů regenerace nicméně bude vždy zakládat potřebu výkladu jednotlivých podmínek poskytovatelem dotace, a toho se žadatelům a příjemcům ze strany MMR vždy dostane.
 
Za nedostatek považuje NKÚ rovněž fakt, že jediným sledovaným parametrem ze strany MMR a SFPI je počet uzavřených smluv, a nikoliv např. velikost revitalizované plochy. NKÚ dále zjistil, že revitalizované pozemky a rekonstruované stavby ve veřejném vlastnictví obcí, měst a krajů zůstávají v „Národní databázi brownfieldů“, přestože svým charakterem již definici brownfieldu neodpovídají. NKÚ proto doporučuje MMR zajistit takovou meziresortní výměnu informací, která by vedla k aktualizaci údajů v „Národní databázi brownfieldů“.  S ohledem na prostorový rozsah většiny brownfieldů v databázi (pozemky a areály) nemohou samy veřejné intervence většinou přinést úplnou revitalizaci celého pozemku označeného jako brownfield. Mnohá z opatření ani nejsou na úplnou revitalizaci území směřována, často se zabývají pouze revitalizací a investicemi do energetické efektivity budov stojících na brownfieldech. Za MMR jsme vstoupili do diskuzí se správcem Národní databáze brownfieldů, kterým je CzechInvest (CI), a jsou nastaveny způsoby výměny informací o podpořených brownfieldech. Nicméně CI na rozdíl od poměrně jasně nastavených parametrů vstupu do databáze, tj. co je brownfield, nemá již z legislativně-právních a stavebně-technických důvodů stejně jednoznačně nastaven výstup z databáze, tj. kdy se záznam již považuje za revitalizovaný brownfield, tedy brownfieldem být přestává. Je také problematické záznam smazat svévolně bez souhlasu vkladatele (vlastníka).

SFPI na místě u příjemce dotace neprováděl kontrolu v rozsahu stanoveném právním předpisem. Kontroly, které SFPI prováděl na místě, byly zaměřeny primárně na kontrolu realizace projektu, tedy na splnění účelu použití podpory. Některé skutečnosti, které NKÚ vytýká SFPI jako neprováděné při následné kontrole na místě, vykonává SFPI v jiné fázi kontrolního procesu jako například při kontrole žádosti o čerpání nebo při závěrečném vyhodnocení projektu. Ostatní výtky NKÚ k následné kontrole promítne SFPI do interních předpisů a při následujících veřejnosprávních kontrolách se jimi bude řídit.