NKÚ zjistil v průběhu účetního období souhrnné nedostatky ve výši 2,651 miliardy korun. MMR konstatuje, že řadu z nich by včas odhalily vlastní kontrolní mechanismy resortu, nicméně akce NKÚ jednoznačně vedla k průběžným opravám a zlepšení nastavených procesů. Následně MMR zveřejnilo účetní závěrku, která podle NKÚ podala věrný a poctivý obraz účetnictví. Údaje resortu pro hodnocení plnění státního rozpočtu úřad označil za spolehlivé. 

Ve dvou případech kontroloři zjistili porušení rozpočtové kázně ve výši 15,6 milionu korun, kdy MMR neodvedlo včas příjmy státního rozpočtu a místo toho je ponechalo na účtu cizích prostředků. Resort k tomu uvádí, že k pochybení došlo z důvodu probíhajícího přebírání agendy sedmi zrušených úřadů Regionálních rad regionů soudržnosti. To pro MMR znamenalo převzetí obsáhlé spisové dokumentace, nových činností a jejich rychlé zahrnutí do už existujících procesů. MMR se prioritně soustředilo na vrácení přeplatků a vracení podílů jednotlivým krajům, nastavovalo interní postupy pro převody vratek, daňových přeplatků a doplatků dotací. Vzhledem k omezeným kapacitám řídícího orgánu nebylo možné okamžitě nahradit veškeré činnosti zrušených rad. To zapříčinilo nedodržení lhůty pro převod finančních prostředků do státního rozpočtu.

MMR věnuje nálezům a doporučením NKÚ maximální pozornost – odhalené nedostatky průběžně opravilo. Související poznatky a závěry pomohly upravit systém účetnictví tak, aby se minimalizovala případná budoucí pochybení. Jednalo se o kontrolu neukončených procesů a neuzavřeného účetního období, která umožňuje průběžně opravit případné nedostatky a zlepšit nastavené procesy. Tato operativní revize je efektivní a přínosná, umožňuje přijmout i jiný úhel pohledu na probíhající činnosti. Na výsledky takovéto revize může kontrolovaná osoba rychle reagovat a nečekat na vlastní kontrolní mechanismy.

Kontrola se uskutečnila v době od srpna 2023 do května 2024. Její výsledky najdete zde.