Jednou z hlavních změn je zvýšení podílu finančních nástrojů, které jsou v Česku zatím využívány pouze z 1,2 % celkového objemu evropských prostředků, zatímco průměr v EU činí 9 %. Nově stanovený cíl je navýšit tento podíl na 3,5 % zaváděním dalších nástrojů a rozšířením těch stávajících. Největší potenciál těchto návratných forem podpory spočívá ve financování zejména podnikatelských projektů, ale uplatnění mohou najít i v dalších oblastech realizovaných např. veřejnými subjekty. „Finanční nástroje umožní pružnější a udržitelnější využití evropských zdrojů. Díky jejich rozšíření i do nových oblastí chceme nejen efektivněji podporovat podnikatelské projekty, ale také poskytnout obcím příležitost realizovat klíčové projekty, jako je například modernizace čistíren odpadních vod,“ uvedl Stanislav Schneidr, vrchní ředitel Sekce koordinace evropských fondů, mezinárodních vztahů a cestovního ruchu. Důležitější role finančních nástrojů se očekává i v dalším programovém období, kdy prostředků pro politiku soudržnosti ubude a důraz na návratnou podporu vzroste.
 
Rada zároveň projednala přerozdělení zdrojů do Operačního programu Jan Amos Komenský (OP JAK) a navrhla úpravu rozložení financí podle kategorií regionů v programu Technologie a aplikace pro konkurenceschopnost (OP TAK).
 
Tyto změny vycházejí z aktuálních priorit a musí být nejprve schváleny vládou. Následně je bude muset potvrdit Evropská komise, aby mohly být zahrnuty do aktualizované Dohody o partnerství. Cílem navrhovaných úprav je zajistit maximální efektivitu čerpání, podpořit nové priority a připravit Českou republiku na očekávané snížení dostupných finančních zdrojů v příštím programovém období.