Cílem podpory rozvoje sociální infrastruktury z IROP je dostupnost a kvalita služeb vedoucích k sociální inkluzi, sociální bydlení dostupné potřebným a snížení počtu sociálně vyloučených osob a osob ohrožených sociálním vyloučením a chudobou. Podpora z programu je určena na přechod od ústavní péče na komunitní péči (deinstitucionalizace), vytváření lepších podmínek pro poskytování sociální péče, zvyšování její kvality a dostupnosti, budování komunitních center sloužících k setkávání členů komunit ohrožených sociálním vyloučením.
 
Konkrétně se může jednat například o vybudování bytů pro chráněné bydlení a zázemí pro poskytování návazných služeb, vybudování zázemí pro poskytování ambulantních sociálních služeb a terénní péče. IROP takto podpořil například 87 miliony dětský hospic - Dům pro Julii v Brně, který nabízí odlehčovací služby dětem, mladistvým a mladým dospělým ve věku do 26 let s chronickým onemocněním nebo zdravotním postižením, o které jinak pečuje osoba blízká. NKÚ rovněž zmiňuje případy dobré praxe, kdy projekty IROP umožnily přechod  klientů z ústavní péče do přirozeného prostředí. Jedním z takových projektů je například Transformace Centra sociálních služeb Stod-III. etapa podpořený částkou 70,4 milionu korun, jehož předmětem bylo vybudování chráněného bydlení pro celkem 48 uživatelů.
 
Z celkových 664 podpořených projektů jich kontroloval NKÚ 14. Žadatelé v těchto případech čerpali z IROP dotaci v celkové výši 358 milionů korun.  
 
Ministerstvo pro místní rozvoj rámcově souhlasí se závěry kontroly NKÚ a kvituje příklady dobré praxe. Co se týče nákupu a využití automobilů, tak povinností příjemce je majetek využívat řádně a hospodárně. Vzhledem k tomu, že MMR snižuje administrativní zátěž při správě dotací tzv. vzorkováním kontrol, může se ojedinělý exces ve formě sporadického využití automobilů skutečně objevit. Dotace je příjemcům schvalována na základě popisu plánovaného využití, které se může od skutečnosti lišit a MMR o tom ví. Proto i při kontrolách po pořízení majetku  klademe důraz na prokázání jeho využití – příjemci mají např. povinnost na vyžádání prokázat využití vozidel pro účely projektu knihou jízd nebo jinou odpovídající evidencí.
 
MMR nesouhlasí s tím, že nesledovalo, jestli se podpora z IROP vzájemně doplňuje s podporou, kterou poskytuje MPSV z Operačního programu Zaměstnanost (OPZ). Podpora byla naopak nastavena v pracovním týmu IROP pro sociální infrastrukturu – kde jsou i zástupci MPSV – tak, aby umožňovala přímý souběh s podporou z OPZ, přičemž ne každý příjemce IROP tyto zdroje potřeboval.