Agendu sociálního začleňování převzalo MMR od Úřadu vlády ČR 1. 1. 2020 a spolu s ní i realizaci projektu „Systémové zajištění sociálního začleňování“ podpořeného z Operačního programu Zaměstnanost. Projekt byl realizován v letech 2016–22 s celkovými náklady téměř 278 milionů korun. Větší část realizace projektu probíhala v době, kdy Agentura byla součástí Úřadu vlády ČR.

Přesun takto rozsáhlého projektu uprostřed realizace z jedné instituce na druhou je obecně náročný. MMR od roku 2020 vyvinulo veškeré úsilí k tomu, aby projekt a jeho realizační tým stabilizovalo. Především bylo nezbytné zásadně posílit řízení Agentury pro sociální začleňování. Resort v rámci kontrolní akce NKÚ prokázal, že v projekt naplnil účel, své cíle a indikátory. Celkem došlo k naplnění téměř 93 % předpokládaných výstupů, což odpovídá i nižšímu čerpání rozpočtu projektu. Jejich realizaci ztížila a v některých případech znemožnila vládní opatření zavedená v důsledku epidemie covid-19.

Po převzetí odpovědnosti za realizaci projektu MMR provedlo zhodnocení fungování ASZ, ze kterého vyplynula potřeba posílení sledování efektivity. Závěry NKÚ v kontrolní zprávě tato zjištění potvrdila. MMR už proto podniklo kroky, které zvýší udržitelnost intervencí agentury a měřitelnost jejich výsledků. Proces sociálního začleňování včetně nalezení uplatnění na pracovním trhu vyžaduje překonání řady individuálních i strukturálních překážek souvisejících například s předlužením, nízkým vzděláním nebo bytovou nouzí. Kvantitativní hodnocení úspěšnosti jednotlivých projektů nebo typů intervence proto potřebuje rozsáhlý sběr dat. V letech 2023 a 2024 agentura zavedla systematický monitoring, který po pilotní fázi od roku 2025 uplatní plošně. 

MMR souhlasí se závěrem NKÚ, že k nižší efektivitě intervencí agentury přispěl projektový způsob jejího financování podporující krátkodobá nesystémová řešení. MMR už proto podniká kroky pro zajištění financování ASZ do roku 2028 v souladu s usnesením vlády ze srpna tohoto roku. 

Agentura se podílí na realizaci politik MMR v oblasti podpory rozvoje regionů. Pomáhá vyrovnávat strukturální zátěž samospráv, ve kterých se koncentrují sociálně vyloučení lidé a vykazují nadprůměrné hodnoty Indexu sociálního vyloučení. Takových obcí je v ČR aktuálně 539. Detailní údaje obsahuje nedávno zveřejněná analýza ASZ.