Oddělení regulatorního rámce fondů EU propojuje evropské priority s jejich praktickým naplňováním v České republice.
Dbá na to, aby Česká republika plnila požadavky vyplývající z evropské legislativy, které jsou nezbytné pro využívání těchto prostředků, a za tímto účelem koordinuje spolupráci mezi ministerstvy, řídicími orgány a Evropskou komisí.
Oddělení se rovněž věnuje přímo řízeným programům Evropské unie a podporuje zapojování českých subjektů do nich. Přispívá k rozvoji synergií mezi zdroji financování z evropského rozpočtu a ve spolupráci s národními kontaktními místy zvyšuje povědomí o možnostech podpory a identifikuje překážky, které mohou účast českých subjektů omezovat.
Součástí činnosti oddělení je také příprava budoucího nastavení financování z evropských zdrojů, zejména v oblasti reforem, horizontálních podmínek a synergií mezi různými formami evropské podpory.