Oddělení evaluací plní roli Evaluační jednotky Národního orgánu pro koordinaci (EJ NOK) a prostřednictvím evaluací pomáhá lépe porozumět tomu, jak fondy EU v Česku fungují a co je možné dělat lépe. Evaluace realizuje vlastními silami i ve spolupráci s různými externími subjekty. Výsledky evaluací převádí do srozumitelných a prakticky využitelných závěrů, které Odboru strategického rámce fondů EU (OSRFEU), Národnímu orgánu pro koordinaci a dalším partnerům poskytují objektivní podklady pro rozhodování o nastavení a směřování fondů EU. Zároveň koordinuje evaluační aktivity napříč fondy EU v Česku, vytváří společné metodické prostředí a poskytuje řídicím orgánům metodickou podporu a konzultace podle jejich potřeb. Spolupracuje s partnery na národní i evropské úrovni, sdílí zkušenosti a výsledky evaluací a prostřednictvím konferencí a dalších aktivit pomáhá rozvíjet evaluační kulturu v Česku. 

Cílem oddělení je, aby rozhodování o evropských fondech nestálo jen na číslech o tom, kolik peněz se podařilo vyčerpat, ale také na znalosti toho, co skutečně funguje, proč a s jakými výsledky.