Základní koncepce podpory infrastruktury pro bezpečnou pěší dopravu od počátku vychází z národních strategických dokumentů. Ověřování informací uváděných žadateli a kontrola projektů probíhala v souladu s platnými metodickými postupy a na základě podkladů doložených žadatelem, jejichž schválení je v kompetenci jiných věcně kompetentních orgánů. Žádný poskytovatel podpory nemá administrativní kapacitu na úplné ověřování všech tvrzení žadatele a zároveň není možné provádět kontroly na místě u všech projektů. V IROP 2014–2020 bylo v oblasti komunikací pro pěší podpořeno 1461 projektů za 4,34 miliardy korun z EU, v IROP 2021–2027 k 30. 6. 2024 pak celkem 470 projektů za 3 miliardy korun z EU.

Nejvyšší kontrolní úřad hovoří o špatném fungování systému podpory a potřebě jej změnit. Opomíjí ale skutečnost, že podporu v letech 2014 až 2023 IROP poskytoval ve dvou na sebe navazujících programových obdobích. Zkušenosti z prvního období podpory komunikací pro pěší IROP 2014–2020 MMR výrazným způsobem promítlo do nastavení podpory v IROP 2021–2027. V druhém programovém období došlo mimo jiné ke snížení míry podpory, zpřísnění kritérií hodnocení přijatelnosti projektů nebo doplnění sledování jejich výsledků. Interpretace výsledků kontroly vybraných projektů, podpořených v IROP 2014–2020, je zkreslená také omezeným regionálním výběrem projektů do vzorku kontrolovaných (celkem 12 projektů v 7 okresech v 5 krajích) a nedostatečně objektivně nastavenou pomůckou pro vyhodnocení účelnosti a hospodárnosti ze strany NKÚ, která umožnila přenášet zjištěné dílčí nedostatky v trase komunikace na projekt jako celek.

Řídicí orgán IROP na základě průběhu a výsledků kontroly NKÚ již přijal nápravná opatření a inicioval kontroly u projektů, u kterých NKÚ poukázal na možné neúčelné a nehospodárné využití prostředků. Tyto kontroly mají za cíl ověřit skutečnosti uvedené v závěrech kontroly NKÚ a případně sjednat nápravu. V IROP 2021–2027 pak bude dále pokračovat oproti období 2014–2020 upravená a více zacílená podpora projektů bezpečných komunikací pro pěší, a to zejména prostřednictvím výzev č. 53 - Infrastruktura pro bezpečnou nemotorovou dopravu (ITI) - SC 6.1 (MRR, PR) a č. 60 - Doprava – SC 5.1 (CLLD).