Programové období 2014–2020 bylo v oblasti podpory zdravotní péče zaměřeno primárně na podporu nemocnic, které jsou součástí národních sítí specializovaných pracovišť (onkogynekologie a perinatologie) a dále na podporu návazné zdravotní péče v jednotlivých regionech. 

V oblasti superspecializované péče je stanovena síť specializovaných pracovišť/nemocnic, která je dána Věstníkem a určuje ji Ministerstvo zdravotnictví. Tato síť stanovuje regionální potřebnost a tím i místo, kam budou směřovat dotační prostředky. V oblasti návazné péče musí projekty plnit všechna kritéria daná Koncepcí návazné péče vydané Ministerstvem zdravotnictví. To u všech projektů došlo k závěru, že kritéria splnila. Řídící orgán IROP jako administrátor dotací vychází při přípravě parametrů z odborných podkladů gesčně příslušných resortů a nejinak je tomu v případě stanovení cílů podpory.

Díky dotacím z IROP si nemocnice v celé ČR mohly zakoupit nebo obnovit i třeba obyčejné vybavení do nemocničních pokojů. NKÚ nezjistil žádné neoprávněné čerpání podpory nebo porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek. Prostřednictvím přístrojové komise, ve které jsou zástupci Ministerstva zdravotnictví, zdravotních pojišťoven a dalších expertů, byly ke všem pořizovaným přístrojům nad 5 milionů korun vydávána kladná či zamítavá stanoviska k jejich pořízení či obnově. Účelem této komise je posoudit účelnost a efektivnost pořízení i obnovy pořizovaného přístrojového vybavení. Nemůžeme tedy souhlasit se závěry NKÚ, že nemocnice pořizovaly drahé či nadbytečné vybavení. Naplnění těchto kritérií mnohdy není v oboru zdravotnictví možné exaktně změřit a posoudit. Toto posuzování navíc nelze zajistit na úrovni ŘO IROP.

Regionální podpora nemocnic byla do jisté míry ovlivněna nastavením parametrů Koncepce návazné péče a mohlo tak dojít k tomu, že do některých nemocnic a krajů směřovala vyšší podpora. ŘO IROP ve spolupráci s Ministerstvem zdravotnictví proto nastavil parametry programového období 2021-2027 tak, aby všechny projekty plnily kritéria dostupnosti a kvality a dotační prostředky směřovaly více regionálně. Tedy tam, kde péče dosud poskytována není, nikoliv plošně do všech krajů.

NKÚ upozornil na problematiku nedosažení cíle podpory respektive programového indikátoru v podobě nesnížení počtu akutních lůžek návazné zdravotní péče. Při nastavení indikátoru se předpokládalo, že budou nemocnice s ohledem na stárnutí obyvatel racionalizovat lůžkový fond – tj. snižovat počet akutních lůžek a zvyšovat naopak lůžka následná a dlouhodobá. Žádná nemocnice však akutní superspecializovaná lůžka nesnížila, naopak docházelo k jejich nárůstu. Tento trend nemohl ŘO IROP nijak ovlivnit. Změnit v průběhu programového období metodiku sledování bylo kvůli různým fázím realizace projektů v podstatě nemožné.