MMR neustále zlepšuje nastavení programů v reakci na aktuální i dlouhodobý vývoj výkonnosti cestovního ruchu a strategii jeho rozvoje. Už v roce 2023 ve spolupráci s relevantními partnery, jako jsou např. organizace destinačního managementu, zástupci krajů nebo Svaz obchodu a cestovního ruchu ČR, provedlo významný redesign výzev NPPCRR. Upravila se kritéria hodnocení žádostí, změnily se dokládané přílohy, včetně struktury a obsahu projektových záměrů, u kterých se nově kromě parametrů výstupů sledují i parametry výsledků. U projektů se také sleduje a vyhodnocuje inovativnost řešení, očekávané přínosy nebo dopady jejich realizace, včetně dopadu na zaměstnanost a znevýhodněné skupiny obyvatel. Hodnotí se i vliv projektů na snížení sezónnosti nebo jejich vazby na rozvojové dokumenty státu, kraje a organizace destinačního managementu. Resort zároveň připravuje nové programy na podporu rozvoje infrastruktury cestovního ruchu a provozu organizací destinačního managementu. Do příprav MMR zapojilo i územní partnery, se kterými se zástupci ministerstva pravidelně schází v rámci specializované pracovní skupiny pro řízení a financování cestovního ruchu.

Cílem MMR je co největší zohlednění potřeb regionů, a proto v rámci přípravy nových programů přišlo s nabídkou podporovat rozvoj infrastruktury cestovního ruchu prostřednictvím tzv. krajských schémat, ve kterých se dotační prostředky státního rozpočtu spojí s prostředky krajů. V tomto schématu by dotační výzvy vyhlašovaly jednotlivé kraje, které by zároveň vybíraly projekty k podpoře. 

Vyhodnotit přínos programu pro rozvoj cestovního ruchu jako celku je náročný úkol, na který MMR v žádném případě nerezignovalo. Už v průběhu realizace sleduje velké množství parametrů, které vypovídají o konkrétních materiálních i nemateriálních výstupech jednotlivých projektů. Z toho jednoznačně vyplývá, co konkrétního v území díky programu vzniklo. MMR vyhodnocení výstupů NPPCRR realizovalo v roce 2022, a už v té době program podpořil například vznik více než 130 km nově upravovaných běžkařských tras, 28 nových nebo modernizovaných expozic, přes 100 odpočívadel, 20 vyhlídek a rozhleden. 

Podle NKÚ program nedostatečně naplňuje svůj cíl zvýšení územní a časové rozprostřenosti cestovního ruchu, a to zejména v případě podprogramu zaměřeného na marketingové aktivity. Tento cíl se ale stanovil pro jiný podprogram, konkrétně na rozvoj základní a doprovodné infrastruktury cestovního ruchu. Podpora u tohoto podprogramu mířila do všech regionů (s výjimkou Prahy, právě s cílem rozprostření návštěvnosti z hlavního města do regionů), a to bez extrémních rozdílů v zájmu nebo úspěšnosti žádostí o dotaci z jednotlivých regionů. MMR zvýhodňovalo celosezónní projekty i ty z tzv. hospodářsky a sociálně ohrožených území.

Závěry NKÚ zmiňují, že některé podpořené projekty nesplnily svůj účel, respektive že jejich závěrečné vyhodnocení trvá příliš dlouho. O výsledcích kontrol NKÚ u konkrétních příjemců dotace nemá MMR zatím žádné oficiální informace, a proto se k nim nemůže jednotlivě vyjádřit. Nyní je na finančním úřadu, který podněty od NKÚ obdržel, aby podezření z porušení podmínek dotace prošetřil a v případě jejich potvrzení také přijal příslušná opatření. Obecně však nastavený systém kontroly vynakládání dotačních prostředků u NPPCRR eliminuje možnosti neúčelného využití dotací.