Fond podporuje projekty vedoucí k vyšší konkurenceschopnosti a ochraně životního prostředí. Financuje aktivity týkající se mořského i vnitrozemského rybolovu (např. odbahňování rybníků), investice na modernizaci zpracovatelského průmyslu, modernizace plavidel, podpory likvidace už nedostačujících plavidel, zlepšování akvakultury apod.